RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine,m5C)等。
最新研究发现,m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。
利用甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序 (Methylated RNA Immunoprecipitation sequening,MeRIP-seq)技术,可以对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。
项目流程:
甲基化RNA免疫共沉淀 (Methylated RNA Immunoprecipitation,MeRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,高效获得结果。
客户提供:1、活细胞:培养细胞至60-80%密度,然后加满培养基寄给公司;2、物种信息(仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估)
基本分析内容:
1、 原始数据处理及统计2、过滤后数据质量QC 图3、测序序列与参考基因组比对4、基因组覆盖度分布5、Peak Calling 分析6、Peak 可视化7、Peak 统计分析8、m6A 的基本特征 8.1 peak 在基因元件的分布 8.2 reads 在基因元件的分布 8.3 Peak 关联基因的特征
9、差异peak 分析
10、 motif分析
高级分析内容:
环状RNA关联分析
参考文献:
1.Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.
2.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4.
3.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.本文链接: http://epicentre.immuno-online.com/view-1547099027.html